karmic@virgil:/home/mvoorhie/data/Sinem/Antibodies_2_11_2010$ cd /home/karmic/Projects/Courses/BmsMinicourse/ karmic@virgil:~/Projects/Courses/BmsMinicourse$ scp webroot/htdocs/index.html mvoorhie@histo.ucsf.edu:/usr/local/apache2/htdocs/BMS270/ index.html 100% 11KB 10.9KB/s 00:00 karmic@virgil:~/Projects/Courses/BmsMinicourse$ scp webroot/htdocs/index.html mvoorhie@histo.ucsf.edu:/usr/local/apache2/htdocs/BMS270/ index.html 100% 11KB 10.9KB/s 00:00 karmic@virgil:~/Projects/Courses/BmsMinicourse$ scp examples2/dp2.py mvoorhie@histo.ucsf.edu:/usr/local/apache2/htdocs/BMS270/code/ dp2.py 100% 10KB 10.3KB/s 00:00 karmic@virgil:~/Projects/Courses/BmsMinicourse$ scp Slides09_MultipleAlignment.pdf mvoorhie@histo.ucsf.edu:/usr/local/apache2/htdocs/BMS270/slides/ Slides09_MultipleAlignment.pdf 100% 299KB 299.5KB/s 00:00 karmic@virgil:~/Projects/Courses/BmsMinicourse$ cd examples2/ karmic@virgil:~/Projects/Courses/BmsMinicourse/examples2$ ln --symbolic /home/mvoorhie/data/Sinem/Antibodies_2_11_2010/Hsp82aa.fasta . karmic@virgil:~/Projects/Courses/BmsMinicourse/examples2$ ln --symbolic /home/mvoorhie/data/Sinem/Antibodies_2_11_2010/2IOQ.pdb . karmic@virgil:~/Projects/Courses/BmsMinicourse/examples2$ cd .. karmic@virgil:~/Projects/Courses/BmsMinicourse$ scp examples2/2IOQ.pdb mvoorhie@histo.ucsf.edu:/usr/local/apache2/htdocs/BMS270/data/ 2IOQ.pdb 100% 778KB 778.0KB/s 00:01 karmic@virgil:~/Projects/Courses/BmsMinicourse$ scp examples2/Hsp82aa.fasta mvoorhie@histo.ucsf.edu:/usr/local/apache2/htdocs/BMS270/data/ Hsp82aa.fasta 100% 19KB 19.0KB/s 00:00 karmic@virgil:~/Projects/Courses/BmsMinicourse$ which rasmol /usr/bin/rasmol karmic@virgil:~/Projects/Courses/BmsMinicourse$ cd examples2/ karmic@virgil:~/Projects/Courses/BmsMinicourse/examples2$ python Python 2.6.5 (r265:79063, Apr 16 2010, 13:09:56) [GCC 4.4.3] on linux2 Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> import dp >>> import string >>> string.uppercase 'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ' >>> s = dp.makeIdent(string.uppercase) >>> s {'A': {'A': 1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'C': {'A': -1, 'C': 1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'B': {'A': -1, 'C': -1, 'B': 1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'E': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': 1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'D': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': 1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'G': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': 1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'F': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': 1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'I': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': 1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'H': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': 1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'K': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': 1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'J': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': 1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'M': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': 1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'L': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': 1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'O': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': 1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'N': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': 1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U''G-1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'Q': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': 1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'P': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': 1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'S': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': 1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'R': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': 1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'U': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': 1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'T': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': 1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'W': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': 1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'V': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': 1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'Y': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': 1, 'X': -1, 'Z': -1}, 'X': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': 1, 'Z': -1}, 'Z': {'A': -1, 'C': -1, 'B': -1, 'E': -1, 'D': -1, 'G': -1, 'F': -1, 'I': -1, 'H': -1, 'K': -1, 'J': -1, 'M': -1, 'L': -1, 'O': -1, 'N': -1, 'Q': -1, 'P': -1, 'S': -1, 'R': -1, 'U': -1, 'T': -1, 'W': -1, 'V': -1, 'Y': -1, 'X': -1, 'Z': 1}} >>> s = dp.makeIdent(string.uppercase[:26]) >>> help(dp.nw) >>> nw(seq1, seq2, s, e=-1, debug=False) Traceback (most recent call last): File "", line 1, in NameError: name 'nw' is not defined >>> alignment = nw(seq1 = "PELICAN", seq2 = "COELECANTH", s = s, e=-1, debug=True) Traceback (most recent call last): File "", line 1, in NameError: name 'nw' is not defined >>> alignment = dp.nw(seq1 = "PELICAN", seq2 = "COELECANTH", s = s, e=-1, debug=True) C O E L E C A N T H 0 -1 -2 -3 -4 -5 -6 -7 -8 -9 -10 -1 -1 -2 -3 -4 -5 -6 -7 -8 -9 -10 P -2 -2 -2 -1 -2 -3 -4 -5 -6 -7 -8 E -3 -3 -3 -2 0 -1 -2 -3 -4 -5 -6 L -4 -4 -4 -3 -1 -1 -2 -3 -4 -5 -6 I -5 -3 -4 -4 -2 -2 0 -1 -2 -3 -4 C -6 -4 -4 -5 -3 -3 -1 1 0 -1 -2 A -7 -5 -5 -5 -4 -4 -2 0 2 1 0 N [None, [(0, 0)], [(0, 1)], [(0, 2)], [(0, 3)], [(0, 4)], [(0, 5)], [(0, 6)], [(0, 7)], [(0, 8)], [(0, 9)]] [[(0, 0)], [(0, 0)], [(0, 1), (1, 1)], [(0, 2), (1, 2)], [(0, 3), (1, 3)], [(0, 4), (1, 4)], [(0, 5), (1, 5)], [(0, 6), (1, 6)], [(0, 7), (1, 7)], [(0, 8), (1, 8)], [(0, 9), (1, 9)2) [[(1, 0)], [(1, 0), (1, 1)], [(1, 1)], [(1, 2)], [(2, 3)], [(1, 4), (2, 4)], [(2, 5)], [(2, 6)], [(2, 7)], [(2, 8)], [(2, 9)]] [[(2, 0)], [(2, 0), (2, 1)], [(2, 1), (2, 2)], [(2, 3)], [(2, 3)], [(3, 4)], [(3, 5)], [(3, 6)], [(3, 7)], [(3, 8)], [(3, 9)]] [[(3, 0)], [(3, 0), (3, 1)], [(3, 1), (3, 2)], [(3, 3)], [(3, 4)], [(3, 4)], [(3, 5), (4, 5)], [(3, 6), (4, 6)], [(3, 7), (4, 7)], [(3, 8), (4, 8)], [(3, 9), (4, 9)]] [[(4, 0)], [(4, 0)], [(5, 1)], [(4, 3)], [(4, 4)], [(4, 4), (4, 5)], [(4, 5)], [(5, 6)], [(5, 7)], [(5, 8)], [(5, 9)]] [[(5, 0)], [(5, 1)], [(5, 1)], [(5, 2), (6, 2), (5, 3)], [(5, 4)], [(5, 4), (5, 5)], [(5, 6)], [(5, 6)], [(6, 7)], [(6, 8)], [(6, 9)]] [[(6, 0)], [(6, 1)], [(6, 1), (6, 2)], [(6, 2)], [(6, 4)], [(6, 4), (6, 5)], [(6, 6)], [(6, 7)], [(6, 7)], [(7, 8)], [(7, 9)]] >>> print "\n".join(alignment) -PELICAN-- COELECANTH >>> alignment ('-PELICAN--', 'COELECANTH') >>> >>> >>> >>> alignment = dp.nw(seq1 = "PELICAN", seq2 = "COELACANTH", s = s, e=-1, debug=True) C O E L A C A N T H 0 -1 -2 -3 -4 -5 -6 -7 -8 -9 -10 -1 -1 -2 -3 -4 -5 -6 -7 -8 -9 -10 P -2 -2 -2 -1 -2 -3 -4 -5 -6 -7 -8 E -3 -3 -3 -2 0 -1 -2 -3 -4 -5 -6 L -4 -4 -4 -3 -1 -1 -2 -3 -4 -5 -6 I -5 -3 -4 -4 -2 -2 0 -1 -2 -3 -4 C -6 -4 -4 -5 -3 -1 -1 1 0 -1 -2 A -7 -5 -5 -5 -4 -2 -2 0 2 1 0 N [None, [(0, 0)], [(0, 1)], [(0, 2)], [(0, 3)], [(0, 4)], [(0, 5)], [(0, 6)], [(0, 7)], [(0, 8)], [(0, 9)]] [[(0, 0)], [(0, 0)], [(0, 1), (1, 1)], [(0, 2), (1, 2)], [(0, 3), (1, 3)], [(0, 4), (1, 4)], [(0, 5), (1, 5)], [(0, 6), (1, 6)], [(0, 7), (1, 7)], [(0, 8), (1, 8)], [(0, 9), (1, 9)]] [[(1, 0)], [(1, 0), (1, 1)], [(1, 1)], [(1, 2)], [(2, 3)], [(2, 4)], [(2, 5)], [(2, 6)], [(2, 7)], [(2, 8)], [(2, 9)]] [[(2, 0)], [(2, 0), (2, 1)], [(2, 1), (2, 2)], [(2, 3)], [(2, 3)], [(3, 4)], [(3, 5)], [(3, 6)], [(3, 7)], [(3, 8)], [(3, 9)]] [[(3, 0)], [(3, 0), (3, 1)], [(3, 1), (3, 2)], [(3, 3)], [(3, 4)], [(3, 4)], [(3, 5), (4, 5)], [(3, 6), (4, 6)], [(3, 7), (4, 7)], [(3, 8), (4, 8)], [(3, 9), (4, 9)]] [[(4, 0)], [(4, 0)], [(5, 1)], [(4, 3)], [(4, 4)], [(4, 4), (4, 5)], [(4, 5)], [(5, 6)], [(5, 7)], [(5, 8)], [(5, 9)]] [[(5, 0)], [(5, 1)], [(5, 1)], [(5, 2), (6, 2), (5, 3)], [(5, 4)], [(5, 4)], [(5, 6)], [(5, 6)], [(6, 7)], [(6, 8)], [(6, 9)]] [[(6, 0)], [(6, 1)], [(6, 1), (6, 2)], [(6, 2)], [(6, 4)], [(6, 5)], [(6, 5), (6, 6)], [(6, 7)], [(6, 7)], [(7, 8)], [(7, 9)]] >>> alignment ('-PELICAN--', 'COELACANTH') >>> print "\n".join(alignment) -PELICAN-- COELACANTH >>>