# BLOSUM62 matrix from NCBI BLAST
#   (values are scaled and quantized lod scores, c.f. page 59 of the BLAST book)
#     s[i][j] = int(.5+scale*log(q[i][j]/(p[i]*p[j])))
blosum62 = {
    '*':{'*':1,'A':-4,'C':-4,'B':-4,'E':-4,'D':-4,'G':-4,'F':-4,'I':-4,'H':-4,'K':-4,'M':-4,'L':-4,'N':-4,'Q':-4,'P':-4,'S':-4,'R':-4,'T':-4,'W':-4,'V':-4,'Y':-4,'X':-4,'Z':-4},
    'A':{'*':-4,'A':4,'C':0,'B':-2,'E':-1,'D':-2,'G':0,'F':-2,'I':-1,'H':-2,'K':-1,'M':-1,'L':-1,'N':-2,'Q':-1,'P':-1,'S':1,'R':-1,'T':0,'W':-3,'V':0,'Y':-2,'X':-1,'Z':-1},
    'C':{'*':-4,'A':0,'C':9,'B':-3,'E':-4,'D':-3,'G':-3,'F':-2,'I':-1,'H':-3,'K':-3,'M':-1,'L':-1,'N':-3,'Q':-3,'P':-3,'S':-1,'R':-3,'T':-1,'W':-2,'V':-1,'Y':-2,'X':-1,'Z':-3},
    'B':{'*':-4,'A':-2,'C':-3,'B':4,'E':1,'D':4,'G':-1,'F':-3,'I':-3,'H':0,'K':0,'M':-3,'L':-4,'N':3,'Q':0,'P':-2,'S':0,'R':-1,'T':-1,'W':-4,'V':-3,'Y':-3,'X':-1,'Z':1},
    'E':{'*':-4,'A':-1,'C':-4,'B':1,'E':5,'D':2,'G':-2,'F':-3,'I':-3,'H':0,'K':1,'M':-2,'L':-3,'N':0,'Q':2,'P':-1,'S':0,'R':0,'T':-1,'W':-3,'V':-2,'Y':-2,'X':-1,'Z':4},
    'D':{'*':-4,'A':-2,'C':-3,'B':4,'E':2,'D':6,'G':-1,'F':-3,'I':-3,'H':-1,'K':-1,'M':-3,'L':-4,'N':1,'Q':0,'P':-1,'S':0,'R':-2,'T':-1,'W':-4,'V':-3,'Y':-3,'X':-1,'Z':1},
    'G':{'*':-4,'A':0,'C':-3,'B':-1,'E':-2,'D':-1,'G':6,'F':-3,'I':-4,'H':-2,'K':-2,'M':-3,'L':-4,'N':0,'Q':-2,'P':-2,'S':0,'R':-2,'T':-2,'W':-2,'V':-3,'Y':-3,'X':-1,'Z':-2},
    'F':{'*':-4,'A':-2,'C':-2,'B':-3,'E':-3,'D':-3,'G':-3,'F':6,'I':0,'H':-1,'K':-3,'M':0,'L':0,'N':-3,'Q':-3,'P':-4,'S':-2,'R':-3,'T':-2,'W':1,'V':-1,'Y':3,'X':-1,'Z':-3},
    'I':{'*':-4,'A':-1,'C':-1,'B':-3,'E':-3,'D':-3,'G':-4,'F':0,'I':4,'H':-3,'K':-3,'M':1,'L':2,'N':-3,'Q':-3,'P':-3,'S':-2,'R':-3,'T':-1,'W':-3,'V':3,'Y':-1,'X':-1,'Z':-3},
    'H':{'*':-4,'A':-2,'C':-3,'B':0,'E':0,'D':-1,'G':-2,'F':-1,'I':-3,'H':8,'K':-1,'M':-2,'L':-3,'N':1,'Q':0,'P':-2,'S':-1,'R':0,'T':-2,'W':-2,'V':-3,'Y':2,'X':-1,'Z':0},
    'K':{'*':-4,'A':-1,'C':-3,'B':0,'E':1,'D':-1,'G':-2,'F':-3,'I':-3,'H':-1,'K':5,'M':-1,'L':-2,'N':0,'Q':1,'P':-1,'S':0,'R':2,'T':-1,'W':-3,'V':-2,'Y':-2,'X':-1,'Z':1},
    'M':{'*':-4,'A':-1,'C':-1,'B':-3,'E':-2,'D':-3,'G':-3,'F':0,'I':1,'H':-2,'K':-1,'M':5,'L':2,'N':-2,'Q':0,'P':-2,'S':-1,'R':-1,'T':-1,'W':-1,'V':1,'Y':-1,'X':-1,'Z':-1},
    'L':{'*':-4,'A':-1,'C':-1,'B':-4,'E':-3,'D':-4,'G':-4,'F':0,'I':2,'H':-3,'K':-2,'M':2,'L':4,'N':-3,'Q':-2,'P':-3,'S':-2,'R':-2,'T':-1,'W':-2,'V':1,'Y':-1,'X':-1,'Z':-3},
    'N':{'*':-4,'A':-2,'C':-3,'B':3,'E':0,'D':1,'G':0,'F':-3,'I':-3,'H':1,'K':0,'M':-2,'L':-3,'N':6,'Q':0,'P':-2,'S':1,'R':0,'T':0,'W':-4,'V':-3,'Y':-2,'X':-1,'Z':0},
    'Q':{'*':-4,'A':-1,'C':-3,'B':0,'E':2,'D':0,'G':-2,'F':-3,'I':-3,'H':0,'K':1,'M':0,'L':-2,'N':0,'Q':5,'P':-1,'S':0,'R':1,'T':-1,'W':-2,'V':-2,'Y':-1,'X':-1,'Z':3},
    'P':{'*':-4,'A':-1,'C':-3,'B':-2,'E':-1,'D':-1,'G':-2,'F':-4,'I':-3,'H':-2,'K':-1,'M':-2,'L':-3,'N':-2,'Q':-1,'P':7,'S':-1,'R':-2,'T':-1,'W':-4,'V':-2,'Y':-3,'X':-1,'Z':-1},
    'S':{'*':-4,'A':1,'C':-1,'B':0,'E':0,'D':0,'G':0,'F':-2,'I':-2,'H':-1,'K':0,'M':-1,'L':-2,'N':1,'Q':0,'P':-1,'S':4,'R':-1,'T':1,'W':-3,'V':-2,'Y':-2,'X':-1,'Z':0},
    'R':{'*':-4,'A':-1,'C':-3,'B':-1,'E':0,'D':-2,'G':-2,'F':-3,'I':-3,'H':0,'K':2,'M':-1,'L':-2,'N':0,'Q':1,'P':-2,'S':-1,'R':5,'T':-1,'W':-3,'V':-3,'Y':-2,'X':-1,'Z':0},
    'T':{'*':-4,'A':0,'C':-1,'B':-1,'E':-1,'D':-1,'G':-2,'F':-2,'I':-1,'H':-2,'K':-1,'M':-1,'L':-1,'N':0,'Q':-1,'P':-1,'S':1,'R':-1,'T':5,'W':-2,'V':0,'Y':-2,'X':-1,'Z':-1},
    'W':{'*':-4,'A':-3,'C':-2,'B':-4,'E':-3,'D':-4,'G':-2,'F':1,'I':-3,'H':-2,'K':-3,'M':-1,'L':-2,'N':-4,'Q':-2,'P':-4,'S':-3,'R':-3,'T':-2,'W':11,'V':-3,'Y':2,'X':-1,'Z':-3},
    'V':{'*':-4,'A':0,'C':-1,'B':-3,'E':-2,'D':-3,'G':-3,'F':-1,'I':3,'H':-3,'K':-2,'M':1,'L':1,'N':-3,'Q':-2,'P':-2,'S':-2,'R':-3,'T':0,'W':-3,'V':4,'Y':-1,'X':-1,'Z':-2},
    'Y':{'*':-4,'A':-2,'C':-2,'B':-3,'E':-2,'D':-3,'G':-3,'F':3,'I':-1,'H':2,'K':-2,'M':-1,'L':-1,'N':-2,'Q':-1,'P':-3,'S':-2,'R':-2,'T':-2,'W':2,'V':-1,'Y':7,'X':-1,'Z':-2},
    'X':{'*':-4,'A':-1,'C':-1,'B':-1,'E':-1,'D':-1,'G':-1,'F':-1,'I':-1,'H':-1,'K':-1,'M':-1,'L':-1,'N':-1,'Q':-1,'P':-1,'S':-1,'R':-1,'T':-1,'W':-1,'V':-1,'Y':-1,'X':-1,'Z':-1},
    'Z':{'*':-4,'A':-1,'C':-3,'B':1,'E':4,'D':1,'G':-2,'F':-3,'I':-3,'H':0,'K':1,'M':-1,'L':-3,'N':0,'Q':3,'P':-1,'S':0,'R':0,'T':-1,'W':-3,'V':-2,'Y':-2,'X':-1,'Z':4}}